Die Matrixorganisation kombiniert die Vorteile einer Projektorganisation und einer Linienorganisation. Allerdings wird das mit einem erhöhten Aufwand in der Projektplanung erkauft. Außerdem muss ganz klar definiert werden, wem die Mitarbeiter weisungsmäßig unterstehen. Als praktikabel hat sich die Weisungsbefugnis durch die Abteilungsleitung erwiesen. Dabei ist es aber zwingend notwendig, dass die Mitarbeiter innerhalb der Projekte alles erfüllen, was für das Projekt notwendig ist.

Der Abteilungsleiter ist dafür verantwortlich, dass die Aufgaben der Abteilung ordentlich bearbeitet werden können. Er muss entsprechende Strukturen einführen und die Einhaltung kontrollieren. Er sorgt dafür, dass die Mitarbeiter das notwendige Wissen haben und Informationen im Team fließen.

Die folgenden Voraussetzungen für eine funktioniere Abteilung beziehen sich insbesondere auf Unternehmen, die Geschäftsprozess- oder IT-Lösungen anbieten. Es lassen sich aber auch für andere Unternehmen die entsprechenden Voraussetzungen ableiten.

• Durchführung einer täglichen Besprechung (15-30 Minuten) zu einer festen Uhrzeit (am besten morgens), in dem jeder Mitarbeiter kurz seine Tagesziele vorträgt, in dem neue Aufgaben oder Tickets besprochen werden und in dem jeder Mitarbeiter Hilfe für seine Probleme einfordern darf. Hier werden Änderungen von Prioritäten besprochen, Ressourcen eingeplant und Änderungen in der Arbeitsweise vorgestellt.
• Es gibt ein flexibles Projektmanagement Werkzeug wie z.B. 5pm oder cohuman und zusätzlich, was mindestens genauso wichtig ist wie das Werkzeug, eine genaue Beschreibung, wie Projekte in dem Werkzeug gelebt werden. Das muss allen Mitarbeitern der Abteilung so in Fleisch und Blut übergehen, dass sie alle zu jeder Zeit die gleicher Arbeitsweise haben.
• Gibt es ein Ticketssystem, so muss genau definiert sein, wie, wann und von wem die Tickets abgearbeitet werden.
• Der Abteilungsleiter muss einen Überblick darüber haben, was „seine Leute“ in den Projekten machen sollen und ob alles läuft. Hierbei helfen die täglichen Besprechungen und das richtige Projektmanagement Werkzeug. Auch die anderen Mitarbeiter der Abteilung müssen grob wissen, was ihre Kollegen machen. (Die Abgrenzung des Projektplans der Projektleitung und dem der Abteilung erfolgt in einem späteren Beitrag).
• Es müssen immer Mitarbeiter mit dem notwendigen Know-how greifbar sein.  Der Abteilungsleiter sorgt, z.B. durch geeignete Schulungsmaßnahmen, dafür, dass das Wissen im Team vorhanden ist.
• Neue Mitarbeiter müssen schnell ins Team integriert werden. Bei einer praxisbezogenen Einarbeitung können selbst Auszubildende innerhalb kurzer Zeit so weit gebracht werden, dass sie in den Projekten helfen können. Der Abteilungsleiter ist dafür verantwortlich, dass neue Mitarbeiter alles bekommen, was sie benötigen. Das gilt auch für die Betreuung von Praktikanten.
• Der Abteilungsleiter vermittelt bei Problemen seiner Mitarbeiter im Projektteam oder mit den Projektleitern.
• Er erarbeitet mit den Projektleitern einen Plan, wann die Teilprojekte, die von der Abteilung bearbeitet werden, umgesetzt werden und welche Mitarbeiter eingesetzt werden können. Dabei sollten laufende Arbeiten möglichst nicht unterbrochen  werden.
• Die Verhaltensweise der Mitarbeiter muss mit dem Wertsystem der Abteilung / des Unternehmens abgeglichen werden.
• Ideen und Kreativität müssen gewürdigt und gefördert werden. Dazu ist es notwendig, dass die Mitarbeiter angstfrei neue Ansätze ausprobieren können, solange sie damit nicht das Projekt oder die Kalkulation gefährden.
• Arbeitsweisen in der Abteilung müssen genau definiert sein. z.B.:
  – Welche Versionskontrolle wird eingesetzt?
  – Welches Werkzeug wird zur Dokumentation eingesetzt und wie wird dokumentiert?
  – Werden Blog- oder FAQ-Beiträge geschrieben?
  – Wie erfolgt die Übergabe einer fertigen Lösung an den Projektleiter?
  – Welche Selbstmanagementmethoden werden verwendet?
  – Wie wird die Arbeitszeit erfasst?
  – etc.